Непосредственное руководство Учреждением осуществляет прошедший соответствующую аттестацию директор Учреждения, который назначается на должность и освобождается от должности Учредителем.
Согласно Уставу МАОУ "СОШ №40", утвержденному постановлением администрации Старооскольского городского округа от  20  апреля 2017 года  № 1550, коллегиальными органами управления Учреждением являются: Общее собрание работников Учреждения, Наблюдательный совет, Управляющий совет, Педагогический совет.